Immédiatement après la Première Guerre mondiale, une force montante vient se mêler des affaires balkaniques et les compliquer un peu plus encore si nécessaire : l'Internationale communiste, ou Komintern.

En janvier 1920, le congrès des communistes de la région crée une Fédération communiste des Balkans, FCB, au sein de laquelle le PC bulgare propose “l'autonomie” pour les Macédoines Vardar, Pirin et Egée, réunifiées. En 1924, la VIème conférence de la FCB se prononce pour une "Macédoine unitaire et indépendante", mesure ratifiée la même année par le Vème congrès du Komintern, puis par le IIIème congrès du PC grec.

La ligne favorable à une Macédoine indépendante reste celle des communistes jusqu'en 1935. Cette année-là, la montée des fascismes, la nécessité de mener une politique de “Fronts populaires” avec les autres forces de gauche impose au Komintern - devenu un simple instrument de la politique extérieure stalinienne - un virage à 90¦. Finie la “Macédoine indépendante et socialiste” :
l'Internationale communiste respecte désormais les frontières existantes et prône le “respect de toutes les minorités”. En avril 1936, le PC grec, toujours docile, ratifie la nouvelle ligne. En décembre 1943, nouveau virage : le Vème congrès des Partisans yougoslaves approuve la création d'un Etat fédéré de Macédoine dans la future Yougoslavie communiste.

Et effectivement, le 2 août 1944, la République socialiste de Macédoine, capitale Skopje, est fondée au monastère de Prohor Pcinjski ; elle devient un Etat fédéré yougoslave le 30 avril 1945. Pendant toute la guerre civile grecque (1946-1949 ; plus de 100 000 morts) Skopje est la base arrière des insurgés communistes grecs. Il y a en 1947-48 de brèves tentatives d'unification entre les Macédoines Vardar et Pirin, vite oubliées en juin 1948, lorsque le Kominform, successeur du Komintern, dénonce Tito comme “traître” et “anticommuniste”.